在科学的世界被称为超能力，在宗教的世界则被称为魔术。这是一部混合了看起来不相容的现实与非现实的世界观的作品。一边是有着夸张技术的机械学园都市，又是充斥着圣书和炼金术的宗教世界，作者将这宛如水与油的两个世界观同时加入到了作品中，成为了一部另类的SF作品。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。

故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分（学生作为人体科学实验对象）。在二百三十万人口中，有八成都…

聂子良（李威 饰）和师宇文（唐宸禹 饰）奉命看守莲花大师圆寂之后留下的舍利子。某日，卓玛（洪小铃 饰）前来盗取舍利子，被两人阻止，一来二去之间，三人产生的难分难解的感情。最终，舍利子还是遗失了，为了赎罪，聂子良和师宇文投湖自尽。 　　投胎转世之后，三人都忘却了前世的记忆。聂子良和女友以珍（林立雯 饰）相恋八年，彼此之间感情十分要好。卓玛成为了以珍最好的朋友。在一场意外中，卓玛重新获得了前世的记忆，回想起了自己对聂子良炙热的感情，然而她不愿意伤害以珍，只能将这份感情深深的埋藏在心底。然而，以珍还是察觉出了男友和闺蜜之间的异样。

人死之后，会是怎样的光景呢？没有经历过死亡的人，永远也解不开这个谜团。然而，从宗教的观点来说，“死亡”其实是另一个生命的开端。如果生命在另一个时空中，继续未完的任务或偿还心愿，或许人们对“死亡”这个冰冷的事实，就比较可以释怀了。 一部揭开生死轮回的偶像剧，一场纠葛前世今生的爱情故事。当四散各地的舍利子引发出人性的贪婪，当黑暗中人性的怨怼制造了恐怖的杀机。百年前的双人武僧保护着舍利子，而她窃取的动作却引来了一场残酷的命运……生死交关、爱恨纠缠的他们，将如何保护自己、拯救爱人、守护舍利子？ 　　聂子良（李威饰）和师宇文（TAE 饰）在前世都是西藏武僧，负责在“玛旁雍错湖”边看守莲华生大师遗留于人间的宝物“舍利子”岂料，遇上了来盗取宝物好解救父母生命的卓玛（洪小铃饰）一阵打斗后，卓玛身负重伤、奄奄一息，两人不忍取她性命，反为卓玛治病，于是三人之间的情感纠葛、错综复杂，他们体验到了最磨人的爱恨得失，最后导致两人失职，于是“舍利子”从此散落世界各地，因愧失职守，子良跟宇文走入湖心，而这段三角恋情最后尽也成了遗憾…… 　　生死流转，当三人再度转世之后，子良（李威饰）身边已有个在一起八年的女朋友以珍（林立雯饰）两人不知为何被“恐怖的地狱之门”所缠上，而亚薇（洪小铃饰）甚至因此被唤醒前世记忆，但因为她与以珍已成了好朋友，所以亚薇不忍伤害以珍，一度想放弃子良，但两人前世刻骨铭心的爱情却让两人无法轻易割舍对彼此的眷恋，终究还是让以珍察觉出两人的暧昧异状…… 　　以珍在宇文一番解释后，知道了事情的来龙去脉，她痛苦矛盾，既无法责备子良的背叛，又无法释怀亚薇的刻意隐瞒，在忐忑不安、且三个人都痛苦的情绪中，子良终于下定决心娶以珍，只是一番折腾后，婚礼前夕子良还是开口表示他无法跟以珍在一起，以珍崩溃……她抓住子良的手问子良，难道她八年的爱情真比不上那三百年前的惊鸿一瞥？ 　　因果轮回支配着他们的爱恨纠葛，而这场前世今生的爱恨情仇，令人屏息以待……